男方因犯强奸罪导致被判刑，其犯罪行为严重伤害了双方的夫妻感情，导致夫妻感情破裂，如女方提出解除婚姻关系，因监狱服役方无法亲自照顾、抚养子女，一般子女会由女方来抚养。
男、女双方在离婚时，就孩子的抚养权问题可以进行协商，若在协商不一致的情形下，应由人民法院根据具体情况，如子女的年龄、性别以及最有利于子女健康成长等方面进行综合考量后予以最终判决。根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定：离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。如果子女的年龄已满两周岁，男、女双方均可要求直接抚养子女，但一方有下列情形之一的，可予以优先考虑，根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）第四十六条第（四）项之规定：子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活。因强奸罪并非一般的刑事犯罪，而是属于严重的刑事犯罪，对女性的身体、心理所造成的伤害是巨大的，如果子女是女性，则抚养权判给女方的概率是比较大的。另外，依据《中华人民共和国民法典》第一千零八十五条之规定：离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。所以，即使子女的抚养权判归女方后，男方也需要支付子女相应的抚养费。
即使男方因犯罪被判刑，但也无法改变其系子女亲生父亲的事实，所以应当负担作为父亲的义务并承担相应的责任。